Trong CATAN Junior, trẻ em sẽ được đưa vào một hòn đảo huyền thoại nơi họ sẽ điều hành các tàu buôn của mình để khám phá các hòn đảo xung quanh và thu thập tài nguyên.
Trong trò chơi, mỗi người chơi sẽ kiểm soát một thuyền trưởng, di chuyển xuyên qua biển để khám phá các hòn đảo và xây dựng các cơ sở buôn bán. Các hòn đảo này có các điểm số và tài nguyên khác nhau, từ rượu, mũ lông, dừa đến gỗ. Người chơi sẽ cố gắng xây dựng các cơ sở buôn bán trên các ô đất đó để thu thập tài nguyên và đạt được điểm số.